Anggota LOD DIY periode 3 telah dikukuhkan oleh Gubernur Provinsi DIY pada tanggal 10 Januari 2012 dan anggota LOD DIY resmi mulai menjalankan roda kelembagaan pada tanggal 10 Januari 2012.  LOD DIY periode ketiga mengalami beberapa perubahan signifikan berkaitan dengan pengaturan kelembagaan.

Pertama, adanya Putusan Mahkamah Konstitusi Nomor 62/PUU-VIII/2010 atas permohonan judicial review UU ORI No. 37 Tahun 2008 dan UU No. 25 Tahun 2009 telah memperkuat eksistensi dan keberadaan ombudsman daerah, serta menghapuskan keraguan atas boleh dan tidaknya penggunaan nama ombudsman selain oleh Ombudsman Republik Indonesia.

Kedua, diterbitkannya Permendagri No, 13 Tahun 2011 tentang Dana hibah dan Bantuan Sosial berpengaruh terhadap pola penganggaran bagi LOD DIY. LOD DIY pada periode satu dan dua didanai melalui mekanisme dana hibah. Namun, seiring dengan lahirnya Permendagri tersebut yang salah satu isi aturannya adalah tidak memperbolehkan adanya penggunaan dana hibah secara terus menerus, maka implikasinya anggaran LOD DIY diintegrasikan di anggaran layanan hukum, Biro Hukum SETDA Provinsi DIY. Hal ini memiliki implikasi bahwa semua pola perencanaan, pencairan dan pelaporan anggaran mengikuti mekanisme dan pola dari SKPD yang menaungi penganggaran LOD DIY. Hal ini berimplikasi positif bagi kontrol terhadap realisasi anggaran yang harus benar-benar sesuai dengan perencanaan. Namun dalam pelaksanaannya hal tersebut tidak semudah yang diharapkan. Anggaran LOD DIY tahun 2012 dianggarkan oleh anggota LOD DIY periode kedua, sehingga tidak semua perencanaan yang dibayangkan dalam pengurusan anggota periode ketiga dapat terakomodasi dalam anggaran LOD DIY tahun 2012.  Kendala lain, program-program unggulan yang ditawarkan di periode ketiga tidak sepenuhnya dapat dipenuhi dengan anggaran yang ada. Solusinya, anggota periode ketiga harus bersiasat dengan anggaran dengan tetap memperhatikan pola penganggaran yang ada.

Beberapa contoh siasat anggaran yang dilakukan adalah mengganti metode program klinik pengaduan dengan audit sosial. Program tersebut sama-sama bertujuan mendekatkan LOD DIY dengan masyarakat, LOD DIY melakukan kegiatan pro aktif untuk mendeteksi potensi pengaduan di masyarakat. Bedanya, klinik pengaduan merupakan pembukaan tempat pengaduan di suatu tempat tertentu dengan jangka waktu tertentu. Sedangkan, audit sosial menciptakan tempat pengaduan yang sifatnya permanen dan dilakukan oleh komunitas-komunitas yang telah ditraining oleh LOD DIY. Harapannya, dengan melakukan penguatan kapasitas terhadap komunitas-komunitas ini, masyarakat bisa mendeteksi bentuk-bentuk mal administrasi pelayanan publik di lingkungannya dan mencoba untuk mengatasi sendiri permasalahan yang dihadapi. Apabila komunitas telah melakukan upaya dan hasilnya masih tetap sama, masyarakat baru boleh mengadukan permasalahannya ke LOD DIY.

Siasat lain adalah menggabungkan kasus-kasus yang membutuhkan investigasi. Dalam anggaran tahun 2012, investigasi hanya dicover untuk dua kali investigasi. Kenyataannya, dalam satu bulan, minimal ada 5 kasus yang harus di investigasi. Hal ini cukup ironis, satu sisi ada anggaran perjalan dinas untuk investigasi yang sangat kurang, sisi lain, anggaran LOD DIY untuk perjalanan dinas ada beberapa yang tidak bisa direalisasikan karena menggunakan mekanisme kilometer.  Sebenarnya ada solusi yang ditawarkan oleh anggota DPRD Provinsi DIY dengan berencana akan meminjamkan atau menghibahkan mobil dinas kepada LOD DIY, namu karena satu dan lain hal belum direspon oleh Biro Hukum SETDA Provinsi DIY

Selain anggaran LOD DIY yang kurang sesuai dengan kebutuhan LOD DIY, kendala anggaran dijumpai dalam mata anggaran untuk perawatan dan pemeliharaan gedung. Anggaran tersebut baru bisa direalisasikan di LOD DIY setelah ada berita acara penyerahan aset dari Biro Umum Setda Provinsi DIY sebagai pengelola aset LOD DIY sebelumnya kepada Biro Hukum Setda Provinsi DIY. Sampai akhir bulan Maret, berita penyerahan aset belum juga terealisasikan, sehingga anggaran LOD DIY banyak yang tidak terserap di triwulan pertama. Hal ini berimplikasi terhadap penganggaran tahun berikutnya yaitu tahun 2013, karena dasar dari penambahan anggaran LOD DIY tahun 2013 adalah penyerapan anggaran di tahun 2012.

Proses pembelajaran dan penyesuaian dengan pola penganggaran di LOD DIY terkadang menimbulkan kesalahpahaman di tataran pelaksana anggaran. Instruksi dari salah satu staf Biro Hukum Setda Provinsi DIY untuk membuat surat klarifikasi dan semua surat lainnya dengan menggunakan kop surat biro hukum, tidak lagi menggunakan kop LOD DIY sempat memunculkan kekhawatiran adanya intervensi struktural dan fungsional dari Biro Hukum Setda Provinsi DIY terhadap LOD DIY. Hal ini disebabkan karena tidak semua staf di Biro Hukum Setda Provinsi DIY memahami karakteristik dari LOD DIY.  Namun, melalui komunikasi yang cukup baik, hal tersebut dapat terselesaikan dengan baik.

Pada triwulan pertama, anggota LOD DIY menetapkan garis-garis besar program strategis periode ketiga. Penentuan rencana strategis ini secara garis besar mengacu pada  capaian program yang telah dilakukan pada periode sebelumnya yaitu pada tahun 2011 serta masukan-masukan pada saat refleksi pada akhir tahun 2011.

Poin penting dari hasil refleksi adalah penguatan kelembagaan LOD DIY pasca keluarnya Putusan Mahkamah Konstitusi Nomor 62/PUU-VIII/2010. Sebagai langkah tindak lanjut pasca Judicial Review di Mahkamah Konstitusi, pada triwulan pertama upaya penguatan kelembagaan diwujudkan dengan penyelenggaraan seminar nasional dengan bersinergi dengan POLGOV FISIPOL UGM dengan tema Peran Ombudsman dalam Mewujudkan Good Governance. Namun pelaksanaan seminar ini baru dilaksanakan pada triwulan yang kedua.

Program penguatan kelembagaan lain yaitu LOD DIY melakukan audiensi dengan beberapa stakeholders baik dengan pemerintah di antaranya Bupati dan SKPD dan juga dengan insan media lokal di Yogyakarta sepeti dengan Kedaulatan Rakyat, Harian Jogja, Bernas Jogja, dan Tribun Jogja. Hal ini  dilakukan sebagai upaya untuk menjalin kerjasama baik dengan unsur pemerintah maupun swasta untuk memperkuat peran serta fungsi secara kelembagaan untuk melakukan pengawasan serta mewujudkan good governance itu sendiri.

Secara kelembagaan juga berusaha untuk melakukan koordinasi dengan Ombudsman Republik Indonesia dan juga dengan Lembaga Ombudsman Swasta Provinsi DIY (LOS DIY) agar terjalin koordinasi sistem informasi serta sinergitas kelembagaan dalam mewujudkan system complain pelayanan publik yang simultan dan berkelanjutan.

Selain program penguatan kelembagaan, LOD tetap melakuan program rutin. Pertama adalah kajian terhadap kasus-kasus yang ditangani LOD DIY baik terhadap kasus yang bersifat sistemik maupun personal. Kajian terhadap kasus-kasus yang bersifat sistemik misalnya terkait dengan masalah perijinan, kesehatan, dan pertanahan. LOD DIY juga melakukan kajian terhadap regulasi mengenai Jaminan Kesehatan Semesta di Provinsi DIY.

Kedua, penerbitan bulletin Kabar LOD edisi pertama tahun 2012 dengan tema asuransi kesehatan. Ketiga, menerima dan menindaklanjuti laporan pengaduan masyarakat, dan monitoring pelaksanaan rekomendasi, dan melakukan kerja jaringan dengan lembaga lain untuk tindak lanjut laporan yang masuk. Pada periode ketiga, LOD DIY mewarisi kasus dari periode dua yang masih dalam proses penanganan sejumlah kurang lebih 40 kasus. Jadi, Selama triwulan pertama selain menerima kasus yang baru, juga sekaligus menyelesaikan kasus-kasus pada periode sebelumnya.

Keempat, LOD DIY melakukan sosialisasi kepada warga yang dilakukan dengan berbagai media baik media cetak maupun media elektronik. Di samping itu juga diselenggarakan sosialisasi langsung melalui tatap muka dengan warga masyarakat. Peserta sosialisasi adalah warga dan tokoh masyarakat. Apresiasi warga cukup tinggi, diukur dari jumlah peserta dan keaktifan pada forum. Tema yang dipilih bersifat tematik sesuai dengan issu yang sedang banyak yang diadukan di LOD DIY dan juga merespon apa yang ada di masyarakat.

Kelima, program penguatan kapasitas personal dan kelembagaan LOD DIY. Program ini direalisasikan dengan menyelenggarakan training penelitian dan workshop tentang penulisan Jurnal Ombudsman. Dengan dua kegiatan ini diharapkan mampu menjadi bekal bagi SDM internal LOD DIY untuk melakukan kajian serta penulisan terkait dengan kebijakan di daerah Selain itu, LOD DIY sering digunakan sebagai laboratorium bagi mahasiswa maupun para peneliti yang sedang melakukan penelitian tentang pelayanan publik,  maka LOD DIY membuat prosedur pelayanan penelitian.

Sedang secara personalia pada triwulan pertama ada penambahan dua personalia, yaitu satu orang Asisten dan satu orang sebagai Staf Administrasi Bagian Umum dan TI. Seorang Asisten yang telah telah ditetapkan adalah Sdr. Ari Daniyulianti, S.H. dan untuk Staf Administrasi Bagian Umum dan TI adalah Sdr. Juni Triwahyu, S.Kom.